三天後，由戶部提出的請頒行條編疏，通過了廷議，即日起頒行天下自此掀開了全國規模的清丈田畝、賦稅改制的大幕。
爲了包管新政順利實施，張居正上請稽查章奏隨事考成以修實政疏，同樣獲得了通過。自此，凡上峯交代的差事，本堂執掌的公務，都必須專人專項負責，限期完成。所做每一件事，其完成情況都要記錄在冊，一式三份，一本自留，一本送六科稽覈，一本送內閣監督，以備檢驗覈實這是京城的衙門。對處所官府也是如此，每個省都要立賬冊，同樣是一式三份，所不合的是，稽覈的任務交給了都察院。日後無論是中央還是處所，所有官員的升遷，獎勵或免除，都憑這冊檔錄作爲依據。月有考歲有稽，全憑白紙黑字話，誰人也打不得馬虎眼。
這項改草極爲簡單，效果卻立竿見影。自推行以後，京城各大衙門一掃過去那種疲疲沓沓、魔蘑菇菇的處事作風。每接手一件事，當事官員再不敢敷衍塞責，一拖再拖，而是立即執行，毫不延誤，唯恐在“考功簿，上記下穢行劣跡，斷了晉升之路。
這樣內閣通過六科控制住六部，通過都察院控制住各省，終於管住了散漫懈怠的天下官員，至此令行禁止、如臂使指，一舉解決了困擾歷朝歷代兩千多年的政欠亨、事難舉的痼疾，爲接下來一系列政令的推行，鋪平了道路。
萬曆元年三月，戶部、都察院擴編完成，然後由主座帶隊，分赴各省督辦一條鞭法，這次的步隊中，有一半是國子監結業的監生，對監生的栽培”沈默可謂是竭盡全力。
毋庸置疑”從九品中正到科舉取士，從唯身世論到唯纔是舉，是極大的進步。尤其走到了宋明以後，隨着科舉取士完全成爲正途，階級的流動性大增，大官的兒子沒法再是大官，平民蒼生也有了魚躍龍門的機會。
這樣給了天下人才一個公平競爭、出人頭地的機會，天下人才也爭相報效朝廷，大大加強了王朝統治的穩固和持久，自然是極好極好的。
然而什麼事都是物極必反，久則生弊。
國初用人的制度，分爲三途：第一是科甲，第二是監生，第三是吏員。這是所謂“三途並用，。朝中的高級官晏大都出自前兩種，後來因爲監生的質量下降，進士成爲正途，尤其是高級官員都走進士身世，所以科甲官員纔是自己人，舉人、監生身世的”備受歧視，吏員身世就更慘了。
於是吏員上進無門，自甘暴棄，舉人監生也決不輕易就職。他們惟一的目標，即是考進土，考中了獲得甲科身世，日後纔有前途可言。
考不中，就準備三年以後重考。如此一科又一科，耗盡一生的精神才力，就爲了能夠金榜題名。許多人考了一輩子，頭髮全白、牙齒失落光，還在鍥而不捨。
如果科舉能夠真正選拔出人才也行，然而四書五經八股文的教條考試，註定除極少數智商絕倫的天才之外，選拔出的絕大大都是書白癡。這些人自己毫無政務能力，又大都在層層考試中耗盡了精力和銳氣。年紀且大，無心學習，只想着如何抵償過往受盡的苦累。
浪費精力”埋沒人材，選拔出的又大都年長事故，幕氣沉沉”只想着升官發家的官吏，科舉制遂成爲吏治的大害。不知道有幾多天官首輔”想要扭轉這一局面，使宴場的升遷非論身世，只看政績，然而無一例外，全都失敗。
沈默的前任，隆慶年間的首相高拱就曾提議，國初舉人爲名臣者甚衆，以後偏重進士，輕視舉人，積弊日甚，請求自今以後，惟論政績，非論身世。這是一個有見地的提議，可是以高拱的手段都沒有推行下去。現在輪到沈默來做這件事，他沒有頒發刺ji科甲官的言論，卻默默的做了很多。
他知道，高拱和之前的官員之所以失敗，是因爲作爲既得利益者的科甲官羣體，對任何故障他們獨吞官位，虎口奪食的舉動，城市極爲警惕，堅決抵擋。一個人想和一個集團鬥，哪怕是皇帝也不成能成功，唯一的體例，就是將這個集團從瓦解，讓爭論乃至爭鬥產生於集團內部。只有這樣，纔可艉找到同盟軍，取得鬥爭的勝利。
沈默正是這樣做的，南京監生之亂後，他改萃國子監教育，第一步是優化生源，首先停止接收捐監生這是監生質量下降的根源。
只接受各省學政推薦上來的生員，以及恩蔭大臣的子弟。本朝的制度，對大臣的兒子，有文蔭或武蔭。在大臣建功或是幾年任滿以後，照例可以蔭子。文蔭從蔭一子入國子監書起，結業後直接授官。好比嚴世蕃和徐階之子徐播，都是走的這條路。
然而對仕途而言，這種坐享其成的廕生身份，不但不是大路，反而是種阻礙。是以嚴世蕃權勢滔天，尚不得入內閣、掌樞機，徐盾剛當上工部shi郎，就被人盯上彈劾，不得不去官回鄉。
究其原因，還是因爲監生身世的官員，普遍地位低下，能靠父兄攀上高位的數目極少，所以缺乏天然的同盟軍，很難在科甲官的土地生存。
現在沈默致力於提高監生的教育質量，改善生源之後，他更是恢復了原先嚴謹的積分加實習的學制，並且廣聘名師坐堂。北京國子監由徐渭領銜，有陳紹儒、陳鎣、閱熙、華察、王世貞、徐中行、李贄等：南京國子監由耿定向領銜，顏山農、林雲同、柯維蜞、張獻翼、林庭機、何心隱、餘允文、馮越等那時知名大儒分而教之，晝則會撰共堂，夜則燈火徹旦，如家塾之教其門生。
對首輔大人的這項善政，官員們爲了自己的子弟，自然不會否決。而大儒們也因爲被重視被尊敬，而爲他大唱讚歌。固然那些尚未及第的平民士子會感到焦躁，尤其是屢考不中者，更是將其視爲自己失敗的原因。幾乎每年都要爲此鬧事，
但這一次”朝廷宣佈連開兩年科舉，所有的噪音馬上就銷聲匿跡了。
所以沈默能有一個比較愉枝的心情，爲北京國子監的結業生們踐行。那天是個難得的好天氣，豔陽取代了寒風，一掃冬季的嚴寒，沈默在三公槐下，對這七十八名結業生，以及五百多名在校監生，講出了一番肺腑之言。
，“歷代朝廷選拔人才，爲國家出力，自應當非論身世、唯纔是舉！
本朝更是立賢無方，惟纔是用。太祖高皇帝時，用人之途最廣，僧、
道、皁隸，鹹得至九卿、牧、守，大臣蔭子，至八座、九卿者，亦不成縷數。然而宣德以後，獨重進士一科”雖鄉舉歲貢，莫敢與之抗衡，而大臣恩蔭，高者不過授五府幕僚，出典遠方郡守而止，即便有卓犖奇偉之才，若不從科目身世，終不得登堂入室，爲國家展採宣猷，終身不得其志矣”
沈默一番話，把過去二百年來，監生們江河日下的地位勾勒出來”
引得全場無不黯然神傷。然後他話鋒一轉，大聲道：“一直有人，這是因爲科甲官排擠所致。我相信，哪怕現在，持這種想法的也大有人才。然而我告訴們，這是大錯特錯的。們要知道，開國初年，即是監生與進士並舉。那時經過嚴格教育、諳熟政務的監生，表示要遠遠強於進士。以至於後來”國朝曾經有十年未開科舉，朝廷官員盡數採取監生，那時的名臣大僚，都是清一色的監生身世。如果要排擠，也應該是們排擠進士纔對，怎麼能擠着擠着，又被人家後來居上了呢？這顯然要從別處找原因！”
，“這裏面，既有朝廷的原因，也有們自己的原因。朝廷方面，由於財務危機，允許捐資入學、縮短學制、減少師資力量，這都是致使監生水準下降的客觀原因。然而最根本的，還是監生們的自我縱容，非論是廕生還是貢生，都可以是天之驕子，進入國子監後，便自以爲前途無憂，青雲直上指日可待。就開始耽於享樂，荒廢學業，在國子監中混幾年，除酒色財氣，什麼知識都沒學到，進入官場上，如何去跟那些經過層層選拔，才從千軍萬馬中殺出來的科甲官競爭，輸得一敗塗地也就層見迭出。”
“所以幾十年來被邊沿化，們怨不得人家科甲官，是朝廷和們自己的錯。”頓一下，沈默接着道：，“可是從隆慶元年以來，朝廷已經改正了毛病，這一點上，相信們比誰都清楚。可以，今天能夠結業的七十五人，在學識上不遜於那些進士官，在實際政務上更是要比他們強。現在我給們大展身手的機會，雖然要比進士官低一些，人家究竟?結果是一層層考出來的，這自己就是一種成績，們不該不服衡。但我包管，自從們踏上仕途的那一刻起，便非論身世，只看政績！非論是科甲官，還是監生官，考覈們的唯一標準，就是那本考成賬刪白紙黑字，歷歷在目、誰也搗不了鬼！只要們表示優秀，年年考成位列前茅，自然不會有人阻止升遷，將來就是登閣拜相也有可能！”
“我今天來到這裏，這麼多，其實也不至爲了們，同樣爲了我自己。們也許不知道，爲了重振國子監，我頂了多大的壓力。如果們不得爭氣，我自然要引咎。這這沒關係，關鍵是好容易重新振作的國子監，就會成爲曇花一現。到時候再沒有人會爲們話，機會也不會再有第二次了。萬事開頭難，想要把國子監這塊招牌，變得和科舉取士一樣亮，們要付出科舉官十倍的努力。”
，“自助者天助之，國子監將來何責何從，監生的前途如何，謎底就在們每一個人身上。
己經結業的，將要結業的，和還要繼續學業的監生們，牢記們各自的使命，爲了美好的明天，共同努力吧！”
散會之後，沈默到徐渭的值房中休息，徐胖子搖頭連連道：，“通篇沒有一句忠君愛國，勤政恤民，全都是官途、前程、命運俗，真俗，這些年可是越來越俗了。”“這世界原本就是個俗世。”沈默撇撇嘴道：，“也不想我好容易來一次，全講空話空話吧。”
“這卻是”徐渭頷首道：，“我看那些監生，眼珠子都紅了，只要不是麻木不仁的，這一回，得萃好幾年用。”
，“希望如此吧。”沈默頜首道：，“他們到底能不得立足，接下來幾年是關鍵。推行條編、清丈田畝、整理財務，這三大戰役中，不知要有幾多官員落馬，幾多新星竄起。加上從朝廷到處所，都要擴大編制，能掌控住機會，他們就能確立自己的地位，要是掌控不住”到這，他輕嘆一聲道：，“恐怕真會是曇花一現。”
，“那樣就太糟了。”徐渭mo着已經花白的鬍鬚道：，“我這輩子全搭在這一件事情上，還指望這幫子除四書五經，還會數學、會計、邏輯的傢伙，斃失落那些書白癡呢！”
徐渭這輩子，最恨的就是科舉。他才調橫溢，千載難逢，卻被一篇八股文，足足折磨了三十幾年。要不是遇上沈默，點醒了他，還不知道這輩子磋砣成什麼樣呢？所以當初沈默讓他當這個國子監祭酒，衝擊一下大明朝的取士之道時，徐渭毫不猶豫的就承諾了，並且在國子監一待就是十年，爲得就是培養出一批學以致用，經綸濟世的幹才來，證明不是隻有文章寫的好，才能當好官的！